烹飪醬油和涼拌醬油是不要混用，購買醬油時，應該是看看標簽上標明的是佐餐用還是烹飪用醬油，這兩者衛生指標是不同的。涼拌醬油又之為佐餐醬油，是可直接入口，主要的用途就是涼拌，衛生指標較好;烹飪用醬油不能直接入口了，只能夠用于烹飪炒菜用。很多的消費者將烹飪醬油和涼拌醬油混用，以為沒有問題，其實是有健康風險的。烹飪醬油的細菌總數比涼拌醬油略高，如果長期把烹飪醬油當涼拌醬油用，并且人的身體抵抗力較弱，容易患胃腸炎等疾病。注意醬油加進菜肴的時間，專家建議，要注意醬油加入菜肴的時間。燒魚、燒肉，醬油要早點加；炒青菜等一般的炒菜，最好在菜肴即將出鍋前加進少許醬油，這樣可以避免鍋內的高溫破壞氨基酸，并且醬油中的糖分也不會焦化變酸。有些人不在菜肴烹飪時，把醬油加在鍋里，而喜歡將菜肴起鍋后，再直接加進醬油。這樣做必須用質量較高的、  細菌總數達標的醬油才行，最好不要使用不能直接入口的烹飪醬油。

        簡便方法防止醬油發霉，醬油的儲存也要費心思，為了有效防止醬油發霉長白膜，可以往醬油中滴幾滴食油、放幾瓣去皮大蒜，或者滴幾滴白酒，都能起到比較好的防霉作用。