醬油生產廠家的基本生產流程及關鍵控制環節，釀造醬油的原料蒸料、制曲發酵、淋油滅菌及最后灌裝，配制醬油是釀造醬油與酸水解植物蛋白調味液進行的調配、滅菌和灌裝。醬油生產廠家的關鍵控制環節是釀造醬油的制曲、發酵及滅菌。醬油生產廠家容易出現的質量安全問題表現在食品添加劑超范圍與超量使用上，也就是微生物指標超標。醬油生產廠家應具備與生產能力相適應的產品廠房、原輔材料的倉庫、成品倉庫與實驗室。生產用廠房能夠滿足原料處理、種曲制曲、發酵浸濾、調配、滅菌及灌裝工藝要求。廠房同設施必須根據工藝流程合理的布局，并便于衛生管理與清洗、消毒。灌裝與主要車間進口處必須設有消毒設施具備防蠅、防蟲等的保證生產場所衛生條件的設施設備。